試してみた

サンプル

require_once 'Skype.php';
$skype = new Skype("skype_api_client", Skype::default_protocol, true);
for (;;) {
  $skype->poll(86400);
}

結果 (X の通信を利用するので Skype を動かした画面上 で xterm を起動して実行。
又は、適当な端末上で env DISPLAY=:
としても大丈夫)

% php skype_test.php
poll:   timeout=86400
PHP Fatal error:  Call to a member function poll() on
a non-object in /usr/share/pear/Skype.php on line 126

クラスインスタンスの $dbus_connection が未定義なのが原因らしい。
見たところ connect がそれっぽい。

require_once 'Skype.php';
$skype = new Skype("skype_api_client", Skype::default_protocol, true);
$skype->connect();
for (;;) {
  $skype->poll(86400);
}

再チャレンジ
(Skype 側に「接続を試みています。」といったダイアログが出るので、OK を選択する)

% php skype_test2.php
invoke: NAME skype_api_client
reply:  OK
invoke: PROTOCOL 7
reply:  PROTOCOL 7
poll:   timeout=86400
notify: CONNSTATUS ONLINE
notify: CURRENTUSERHANDLE (ログインする時のユーザ名が表示される)
notify: USERSTATUS ONLINE
poll:   timeout=86400

それっぽく動いてる感じ。